Mit Ausnahme der Ortsteile Oberkienberg und Schroßlach sind alle Orte der Gemeinde an die zentrale Kläranlage in Allershausen angeschlossen. Allershausen wird teilweise im Mischsystem und die neueren Baugebiete im Trennsystem entwässert. Im Ortsteil Oberallershausen sowie im Gewerbegebiet Kammerfeld erfolgt die Entwässerung ebenfalls im Mischsystem. In allen anderen Ortsteilen erfolgt die Abwasserbeseitigung im Trennsystem.
Die anfallenden Abwässer aus dem Gemeindebereich sowie aus dem Gemeindegebiet Paunzhausen werden der Kläranlage in Allershausen zugeleitet. Diese war ursprünglich auf 4.000 Einwohner ausgelegt. In den Jahren 1996/97 erfolgt die Modernisierung und Erweiterung auf 9.000 Einwohnerwerte zu einer Belebungsanlage mit Schlammstabilisierung und Phosphorelimination. Die Anlage produziert jährlich rund 3.000 m³ Klärschlamm. Nach der Entwässerung erfolgt die weitere Behandlung des Klärschlamms in der von der österreichischen Firma Rothmaier Betriebs GmbH errichteten und betriebenen solaren Klärschlammtrocknungsanlage. Dadurch verringert sich die der Verbrennung zuzuführende Menge Klärschlamms auf ca. nur noch rund 200 to. pro Jahr.
Ab 1. Januar 2019 betragen die Einleitungsgebühren für die Abwasserbeseitigung pro Kubikmeter bezogenen Frischwassers bei Entwässerung im Mischsystem € 1,37. Wird nur ausschließlich Schmutzwasser eingeleitet, beträgt die Gebühr € 1,21.